Thỏa ước Hòa Bình Nairobi
Vì bị lưỡng đầu thọ địch (mặt trận Darfur (Bản đồ, màu Xanh Cây) và mặt trận miền Nam (Bản đồ, màu Xanh Dưong) ), cho nên vào năm 2005, tuy miền Bắc Sudan có lợi thế quân sự nhờ vũ khí cung cấp bởi Trung Hoa và những ủng hộ của Trung Hoa ở hội Đồng Bảo An Liên Hiệp Quốc, họ vẫn phải ký thỏa ước hòa bình với miền Nam ở Nairobi Kenya, và thủ lãnh miền Nam là John Garang đã trở thành Phó Tổng Thống. Theo thỏa ước thì Garang cũng kiêm nhiệm chức vụ cai quản miền Nam và hai bên sẽ thí nghiệm sống chung trong 6 năm, sau đó thì miền Nam sẽ tồ chức tổng tuyển cử để quyết định có vĩnh viễn thống nhất với miền Bắc hay là sẽ ly khai để trở thành một quốc gia độc lập.
Cuộc nội chiến thứ 2 đã gây ra 4 triệu người tỵ nạn và trên 2 triệu người chết.
7 tháng sau, Garang chết bí mật trong một tai nạn máy bay, Salva Kiir Mayardit, tư lệnh lực lượng quân đội miền Nam được cử lên thay thế làm Phó Tổng Thống.
Kiir chủ trương ly khai. Ông chỉnh đốn quân đội miền Nam, mua thêm vũ khí nặng và xe tăng. Ông tuyên bố nếu chính phủ Sudan có ý định trì hõan lịch trình bầu cử thì ông sẽ tổ chức tổng tuyển cử một mình trong năm 2011.
Vùng Abyei
(Xem bản đồ, màu Đỏ)
Một trong những lý do mà chính phủ Sudan nêu ra để trì hõan cuộc tổng tuyển cử là vì có nhiều điều khỏan trong thỏa ước chưa được giải quyết kịp thời trong đó vấn đề vùng Abyei đứng hàng đầu.
Abyei là vùng đất đệm truyền thống giữa hai miền Nam Bắc.Trước thế kỷ 17, vùng này do dân Dajo của miền Nam cư ngụ, nhưng dần dà người Dajo bị thay thế bởi giống dân Ngok Dinka cũng từ miền Nam tới. Trong khi đó thì một giống dân du mục Messiria tử miền Muglad ở phía Bắc cũng lùa thú vật của họ tới đây trong vài tháng mỗi năm.
Các giống dân vẫn sống hòa bình với nhau cho đến khi xẩy ra cuộc nội chiến thứ nhất. Dân du mục Messiria được hậu thuẫn của chính phủ miền Bắc đã đánh phá các làng xóm của người Ngok Dinka và đuổi họ về Nam.
Khi dầu hỏa được phát hiện tại đây, tổng thống Nimeiry đã vẽ lại biên giới để nhập những vùng có tài nguyên dầu khí về miền Bắc.
Những mỏ dầu được Trung Quốc khai thác và chuyển theo các ống dẫn xuyên qua miền Bắc. Cho tới 2003 thì vùng này đã cung cấp 1/4 tài nguyên dầu hỏa cho Sudan, nhưng sau 2003 thì sản lượng giảm dần, báo hiệu các giếng dầu đã bắt đầu cạn kiệt,
Tình trạng vùng Abyei là một vấn đề nhức nhối trong nhiều năm, cả hai bên đã tìm kiếm sự trọng tài của quốc tế nhưng mỗi khi có một quyềt định thì đều bị một bên phản đối. Quyết định mới nhất tại The Hague, tháng 7 2009, đã vẽ lại vùng Abyei thành nhỏ hơn, tách rời các vùng đất đang sử dụng bời giống dân Messiria ra ngòai, đồng thời trao các giếng dầu lớn nhất cho miền Bắc. Với quyết định này thì dân Messiria không còn là dân của Abyei nữa và như thế sẽ không tham dự vào cuộc tổng tuyển cử của miền Nam. Nói một cách khác, khi Tổng tuyển cử xảy ra thì miền Abyei sẽ chắc chắn bỏ phiếu ly khai.
Tuy chấp nhận phán quyết quốc tế, nhưng Sudan vẫn muốn giữ đất Abyei thuộc về họ, Sudan nay lại đưa ra đòi hỏi thêm là dân Messiria phải có quyền tham dự cuộc bỏ phiếu.
Vùng Núi Nuba
(Xem bản đồ, mầu Hồng)
Ngòai vùng Abyei, một tranh chấp khác cũng xẩy ra về một vùng rộng lớn khác là vùng núi Nuba. Đây là một vùng hoang vu rộng lớn chỉ xâm nhập vào được bằng những đường mòn đã có từ lâu đời. Vùng đất tuy cằn cỗi nhưng vẫn xanh tưoi hơn các vùng lân cận vì có mưa mùa hè từ tháng 5 cho tới thàng 10. Những khảo sát địa chất mới đây cho thấy nó có nhiều khả năng dự trữ dầu hỏa. Dân vùng này đa phần là du kích quân của phe miền Nam nhưng thỏa ước 2005 không cho họ quyền bầu cử. Người dân vùng này sợ rằng nếu miền Nam ly khai thì họ sẽ bị đàn áp thẳng tay. Các du kích quân đã mua thêm vũ khí chuẩn bị cho một cuộc nội chiến thứ 3. Nhiều cơ quan quốc tế lo ngại rằng nếu chiến tranh tái diễn thì vùng này sẽ có thể trở thành một Darfur thứ hai.
Chiến tuyến phía Đông
(Xem bản đồ, mầu Tím)
Trong cuộc nội chiến thứ 2, quân miền Nam cũng xâm nhập nhiều tỉnh phía Đông của Sudan nằm sát biên giới Eritrea để đe dọa con đường dẫn dầu ra biển Đỏ. Theo sau thỏa ước 2005 thì quân miền Nam phải rút ra khỏi đây, nhưng với sự xúi dục của nước Eritrea, dân cư ngụ miền này lập tức nổi dậy và tiếp tục đe dọa các ống dẫn dầu và thương cảng Port Sudan. Nhiều bằng chứng cho thấy chính quyền Sudan lúc đó đã dự định tổ chức những nhóm khủng bố giống như Janjaweed để đàn áp.
Nhưng vào năm 2006, chính quyền Eritrea sợ có chiến tranh với Ethiopia cho nên muốn làm hòa với Sudan, Eritrea đã tìm cách phân giải giữa Sudan và quân nổi lọan. Một hỏa ước được ký kết tại Asmara, theo đó thì Sudan phải chia quyền cai trị và nhiều quyền lợi kinh tế cho phe nổi lọan.
Vì bị lưỡng đầu thọ địch (mặt trận Darfur (Bản đồ, màu Xanh Cây) và mặt trận miền Nam (Bản đồ, màu Xanh Dưong) ), cho nên vào năm 2005, tuy miền Bắc Sudan có lợi thế quân sự nhờ vũ khí cung cấp bởi Trung Hoa và những ủng hộ của Trung Hoa ở hội Đồng Bảo An Liên Hiệp Quốc, họ vẫn phải ký thỏa ước hòa bình với miền Nam ở Nairobi Kenya, và thủ lãnh miền Nam là John Garang đã trở thành Phó Tổng Thống. Theo thỏa ước thì Garang cũng kiêm nhiệm chức vụ cai quản miền Nam và hai bên sẽ thí nghiệm sống chung trong 6 năm, sau đó thì miền Nam sẽ tồ chức tổng tuyển cử để quyết định có vĩnh viễn thống nhất với miền Bắc hay là sẽ ly khai để trở thành một quốc gia độc lập.Cuộc nội chiến thứ 2 đã gây ra 4 triệu người tỵ nạn và trên 2 triệu người chết.
7 tháng sau, Garang chết bí mật trong một tai nạn máy bay, Salva Kiir Mayardit, tư lệnh lực lượng quân đội miền Nam được cử lên thay thế làm Phó Tổng Thống.Kiir chủ trương ly khai. Ông chỉnh đốn quân đội miền Nam, mua thêm vũ khí nặng và xe tăng. Ông tuyên bố nếu chính phủ Sudan có ý định trì hõan lịch trình bầu cử thì ông sẽ tổ chức tổng tuyển cử một mình trong năm 2011.
Vùng Abyei
(Xem bản đồ, màu Đỏ)
Một trong những lý do mà chính phủ Sudan nêu ra để trì hõan cuộc tổng tuyển cử là vì có nhiều điều khỏan trong thỏa ước chưa được giải quyết kịp thời trong đó vấn đề vùng Abyei đứng hàng đầu.
Abyei là vùng đất đệm truyền thống giữa hai miền Nam Bắc.Trước thế kỷ 17, vùng này do dân Dajo của miền Nam cư ngụ, nhưng dần dà người Dajo bị thay thế bởi giống dân Ngok Dinka cũng từ miền Nam tới. Trong khi đó thì một giống dân du mục Messiria tử miền Muglad ở phía Bắc cũng lùa thú vật của họ tới đây trong vài tháng mỗi năm. Các giống dân vẫn sống hòa bình với nhau cho đến khi xẩy ra cuộc nội chiến thứ nhất. Dân du mục Messiria được hậu thuẫn của chính phủ miền Bắc đã đánh phá các làng xóm của người Ngok Dinka và đuổi họ về Nam.
Khi dầu hỏa được phát hiện tại đây, tổng thống Nimeiry đã vẽ lại biên giới để nhập những vùng có tài nguyên dầu khí về miền Bắc.
Những mỏ dầu được Trung Quốc khai thác và chuyển theo các ống dẫn xuyên qua miền Bắc. Cho tới 2003 thì vùng này đã cung cấp 1/4 tài nguyên dầu hỏa cho Sudan, nhưng sau 2003 thì sản lượng giảm dần, báo hiệu các giếng dầu đã bắt đầu cạn kiệt,
Tình trạng vùng Abyei là một vấn đề nhức nhối trong nhiều năm, cả hai bên đã tìm kiếm sự trọng tài của quốc tế nhưng mỗi khi có một quyềt định thì đều bị một bên phản đối. Quyết định mới nhất tại The Hague, tháng 7 2009, đã vẽ lại vùng Abyei thành nhỏ hơn, tách rời các vùng đất đang sử dụng bời giống dân Messiria ra ngòai, đồng thời trao các giếng dầu lớn nhất cho miền Bắc. Với quyết định này thì dân Messiria không còn là dân của Abyei nữa và như thế sẽ không tham dự vào cuộc tổng tuyển cử của miền Nam. Nói một cách khác, khi Tổng tuyển cử xảy ra thì miền Abyei sẽ chắc chắn bỏ phiếu ly khai.
Tuy chấp nhận phán quyết quốc tế, nhưng Sudan vẫn muốn giữ đất Abyei thuộc về họ, Sudan nay lại đưa ra đòi hỏi thêm là dân Messiria phải có quyền tham dự cuộc bỏ phiếu.
Vùng Núi Nuba
(Xem bản đồ, mầu Hồng)
Ngòai vùng Abyei, một tranh chấp khác cũng xẩy ra về một vùng rộng lớn khác là vùng núi Nuba. Đây là một vùng hoang vu rộng lớn chỉ xâm nhập vào được bằng những đường mòn đã có từ lâu đời. Vùng đất tuy cằn cỗi nhưng vẫn xanh tưoi hơn các vùng lân cận vì có mưa mùa hè từ tháng 5 cho tới thàng 10. Những khảo sát địa chất mới đây cho thấy nó có nhiều khả năng dự trữ dầu hỏa. Dân vùng này đa phần là du kích quân của phe miền Nam nhưng thỏa ước 2005 không cho họ quyền bầu cử. Người dân vùng này sợ rằng nếu miền Nam ly khai thì họ sẽ bị đàn áp thẳng tay. Các du kích quân đã mua thêm vũ khí chuẩn bị cho một cuộc nội chiến thứ 3. Nhiều cơ quan quốc tế lo ngại rằng nếu chiến tranh tái diễn thì vùng này sẽ có thể trở thành một Darfur thứ hai.Chiến tuyến phía Đông
(Xem bản đồ, mầu Tím)
Trong cuộc nội chiến thứ 2, quân miền Nam cũng xâm nhập nhiều tỉnh phía Đông của Sudan nằm sát biên giới Eritrea để đe dọa con đường dẫn dầu ra biển Đỏ. Theo sau thỏa ước 2005 thì quân miền Nam phải rút ra khỏi đây, nhưng với sự xúi dục của nước Eritrea, dân cư ngụ miền này lập tức nổi dậy và tiếp tục đe dọa các ống dẫn dầu và thương cảng Port Sudan. Nhiều bằng chứng cho thấy chính quyền Sudan lúc đó đã dự định tổ chức những nhóm khủng bố giống như Janjaweed để đàn áp.Nhưng vào năm 2006, chính quyền Eritrea sợ có chiến tranh với Ethiopia cho nên muốn làm hòa với Sudan, Eritrea đã tìm cách phân giải giữa Sudan và quân nổi lọan. Một hỏa ước được ký kết tại Asmara, theo đó thì Sudan phải chia quyền cai trị và nhiều quyền lợi kinh tế cho phe nổi lọan.